碇シンスケ
〜15歳。エヴァ初号機予備パイロット〜
・「エヴァ2回目」の主人公、未来の碇シンジである。サードインパクト後、時代をタイムスリップして、第三使徒襲来の日に戻ってきた。原因はまったくの不明ある。
・TV本編に比べて性格は明るくなっている。
碇シンジ
〜14歳。エヴァ初号機パイロット〜
・第三新東京市に来るまでは、ごく普通の民間人だった少年。シンスケのことを本当に双子の兄だと思っている。運動神経はあまり良くない。
・シンスケの影響で、かなり、しっかり者になってきている。
綾波レイ
〜14歳?エヴァ零号機パイロット〜
・シンジの母親「碇ユイ」と第2使徒「リリス」の遺伝子を持つ特殊なクローン。その誕生のメカニズムには秘密が多く、レイ本人や未来から来た碇シンスケも詳しいことはほとんど知らない。
・かなり世間知らずである。
惣流アスカ・ラングレー
〜14歳。エヴァ弐号機パイロット〜
・運動神経・頭脳とも抜群の能力を誇る、エヴァ弐号機パイロット。ただ、幼い頃のトラウマがあり、精神的にはもろい一面がある。それが、未来ではある悲劇を生むことになってしまった。
・プライドが高く、性格にはやや難のある少女である。
葛城ミサト
〜29歳。NERV作戦部長〜
・父が死亡した、原因である”使徒”に強力な復讐心を持っている。一時機、失語症に陥っていたが、今はよくペラペラしゃべる、おば・・お姉さんである。
・かなり明るい性格だが、意外とさびしがりやな面も。
赤木リツコ
〜30歳。NERV技術部長〜
・そのコンビュータの知識と生物工学の知識は、世界でも有数である。実はNERV、ゼーレの裏の秘密をかなり知っている。髪を金髪に染めている。
・いつもクールである。ミサトとは大学時代からの友人。
伊吹マヤ
〜24歳。NERVオペレーター・技術部所属〜
・赤木リツコの右腕。能力は非常に高く、EVAの修理にオペレータにと、こき使われ、多忙な日々を送る。ただ、潔癖症で半軍事組織であるNERVには性格的に合っていない。
・先輩である、赤木リツコを非常に尊敬している。
碇ゲンドウ
〜48歳。NERV総司令〜
・シンジの父親で、情報操作を18番とする冷酷で非常に切れる男である。”人類補完計画”なるものに関わっているが、それが何をさしているのかは不明である。
・とても、シンジの父親とは思えない男だ。
冬月コウゾウ
〜58歳。NERV副指令〜
・ゼーレ以外で、ゲンドウに口出しができる数少ない人物。温和な性格だが、なぜ、碇ゲンドウの、非常に冷酷な計画だと思われる”人類補完計画”に協力しているのか不明。
・NERVの部下にはかなり慕われている。
鈴原トウジ
〜14歳。エヴァ四号機パイロット?〜
・シンジの親友。未来では四号機パイロットなるが、起動実験中にある事件が起こってしまい、右足を失う事となる。以後、EVAには乗ることはなかった。
・妹が大怪我をしている。
相田ケンスケ
〜14歳。軍事マニア〜
・とてつもない軍事マニア。卓越したパソコンの知識で、NERVの情報もかなり引き出している様子。アスカやレイの写真を売り、商売繁盛している。
・EVAのパイロットになりたがっている。