久しぶりにこのサイト開いて最新に更新した。
Wordpress 自体が3.6.1である以外は、プラグインもテーマの翻訳も最新。

通常は自動的に更新できるので関係ないが、
この環境は特殊なので自動更新ができない。
そのため、翻訳が古いといわれた場合は、
対応する翻訳をダウンロードして入れてやる必要がある。
例えば twentyfourteen の翻訳が古かった場合、
下記をダウンロード・展開して（バージョンは対応するもので）

https://downloads.wordpress.org/translation/theme/twentyfourteen/1.7/ja.zip

wp-content/languages/themes の下に、
プラグインなら wp-content/languages/pugins の下に置いてやる。

後は再度更新チェックすれば翻訳が古いとは言われないはず。